Tapolcán született 1763. május 9-én. Kispolgári család fia, apja vargaként kereste családjának a kenyeret.

Gimnáziumi tanulmányait Keszthelyen, Veszprémben és Sopronban, a filozófiai tanfolyamot 1783-tól Pesten, a piaristáknál végezte. Itt tanára, Horányi Elek felébresztette történelmi érdeklődését. 

Tanulmányai folytatásához az anyagiakat csak úgy tudta előteremteni, hogy állást vállalt; joghallgatóként Orczy Lőrinc házába került, mint a neves költő fiának tanulótársa. A tehetős és tekintélyes család mind életkörülményeinek, mind intellektuális arculatának alakulásában meghatározó szerepet játszott. Ők egyengették, amíg tudták hivatali pályáját, s bizonyosan hozzájárultak ahhoz, hogy az alacsony sorból származó fiatalember oly öntudatosan és magabiztosan mozogjon az életben. 

1787-től az Orczy család támogatásával Kassán, a kamaránál gyakornok, majd írnok. Valószínűleg itt lett szabadkőműves. 1788-ban az ifjú Kazinczy Ferenccel és az öregedő ’deákos’ Baróti Szabó Dáviddal megalapította a Magyar Museum című lapot, melyet a második számtól egyedül szerkesztett. A két ifjú egyaránt vezérségre tört, viszonyuk megromlott, s útjaik végleg elváltak. A szakítás oka valószínűleg nemcsak szakmai vetélkedés volt: a folyóirat Kazinczy által készített előbeszéde és a Batsányi által átdolgozott változat között koncepcionális a különbség. Batsányi egyértelműen az 1870-es évek nem nemesi értelmiségének ideológiája szellemében írja át Kazinczy szövegét, amely viszont a felvilágosult rendiség új igényeit tükrözte. 

1793-ban forradalmi versei miatt elvesztette állását, elhagyta Kassát. 1794. szeptember 10-én a jakobinus szövetkezésben való részvétel gyanúja miatt Budán elfogták. A vádat nem sikerült rábizonyítani, de az eljárás során tanúsított magatartása miatt egy évi fogságra ítélték és Kufsteinba szállították. 

1796. május 23-án szabadult. Bécsben telepedett le hivatalnokként, ahol részt vett a művészeti életben, újrakezdi szerkesztői munkásságát. Nem saját műveit akarja megjelentetni, hanem írótársaiét. Festetics György anyagi segítségével megindítja a Magyar Minerva című folyóiratát, amelyben Ányos Pál és Virág Benedek alkotásait adja közre. 

1805-ben feleségül vette Baumberg Gabriellát, a neves osztrák költőnőt. 1809-ben átjavította és a kiáltvány hangját kiélező közbeszúrásokkal egészítette ki Napóleon proklamációját a magyarokhoz. 

A Bécsből kivonuló csapatokkal Párizsba ment, ahol Maret államtitkár, Batsányi kufsteini rabtársa nyugdíjat járt ki számára. 1815. augusztus 5-én a Párizst megszálló osztrák katonaság elfogta, Spielberg várbörtönébe szállították, ahonnan - felesége közbenjárására - 1816. augusztus 14-én szabadult; s Linzbe száműzik. A Magyar Tudós Társaság 1843-ban levelező tagjává választotta. 

1845. május 12-én halt meg Linzben. 

Kevés írónk sorsába szólt bele olyan erőteljesen a történelem, mint Batsányi Jánoséba. Kalandos és tragikus fordulatokban bővelkedő életét háromszor kezdi újra, szinte az alapoktól. A köztudatban forradalmi hevületű versek szerzőjeként ismert, de ennél fontosabb az az alázatos munka, mellyel a magyar nyelv és irodalom ügyét szolgálja. 

Orczy Lőrinc hatására a Bessenyei-kör műfaji és verselési hagyományainak jegyében kezdte pályáját. Első közreadott eredeti prózai írása a Báróczi Sándorhoz intézett Barátságos levél 1786. Erősen befolyásolta a barokk poétika imitációtana is: A martinyesti ütközetben elesett magyar vitézek sírkövére 1789 című epigrammájának mintája például Szimonidész híres verse. Korai dalai (Klórishoz, Fánnihoz) még a német rokokó költőit követik, de ifjúkori szerelmével kapcsolatos Esdeklő panaszában 1791 a hiteles élménytartalom a Faluditól átvett, játékosan jelenetező szerelmi dalt már személyes érzelmekkel telíti. 

A Magyar Museum szerkesztőjeként mint vezető szerepre hivatott irodalomszervező lépett fel. A fordításról 1787-1789 című tanulmányában vallotta, hogy lehetséges, sőt kívánatos a tartalmi és formai szempontból egyaránt hű fordítás. Rájnis József vitacikke alkalmat kínált számára, hogy elkülönítse a fordítást az utánzástól, s megvédve Baróti Szabó Milton-fordításait, szakított a deákos klasszicizmus ízlésével. Folyóiratának Bévezetésében 1788 az irodalmat a nemzeti lét minősítőjeként határozta meg, s ezért ápolására, Bessenyei Jámbor szándékának megjelenése előtt, tudós társaság létrehozását javasolta. 

Költészete a nemesi reformizmus jegyében bontakozott ki. Serkentő válasz 1789 című versében történelemszemléletét tárta fel: az ősi nemzeti nagyság képét a tragikus múlt, Várna és Mohács felidézésével szembesítette (ennek hatása Kölcseyig érvényesül), s a költő feladatát a jelennek szóló tanulságok megfogalmazásában látta. Az alkalmi óda műfaját megújító verseiben (Tekintetes nemes Abaúj vármegye örömünnepére, Batthyány Alajoshoz) a személyes ünneplést a mozgalom s egy eszmény propagálására használta. Levél Szentjóbi Szabó Lászlóhoz 1792 című episztolája szorosan kapcsolódik a politikai küzdelmekhez, múltidézésének elemei pedig még Kisfaludy Károly műveiben is feltűnnek. Batsányi nagyszabású episztolájában hatásos eszmefuttatás olvasható azok ellen, akik a a hazafiak megítélésénél a vallási hovatartozást is figyelembe veszik. Az az emberjogi követelmény, hogy mindenkinek, hogy mindenkinek joga van a maga vallását gyakorolni, magában foglalja az elvet: a hazafiak között sem lehet vallási alapon semmiféle különbséget tenni. 

Az Ossziáni dalok fordítása segíti hozzá Batsányit, hogy megtalálja a vállalható 

költőszerepet. „Bárdussa akartam lenni a magyar nemzetnek” ‑ írja egyik levelében. A fogalom jelentését pedig így magyarázza meg: „A bárdok vagy bárdusok olyan különös rendbéli emberek voltak az északi népeknél, kik, hivataljok szerént, azoknak jeles cselekedeteiket énekelve magasztalták, versekbe foglalták, s e szerént emlékezeteket a később időkre általküldötték. Ezek az énekek egyszersmind történetes könyvek helyett szolgáltanak néktek; és annál több hitelt érdemlettenek, minthogy azoknak szerzőik a megénekelt dolgoknak többnyire szemmel-látó tanúi voltanak. Akkorban a muzsika és poézis a politikának fő eszközei voltak; és egyenesen a nemes erkölcsnek terjesztését és a nemzeti jó szokásoknak s szabadságnak fenntartását arányozták.” 

Az új költőszerep két reprezentatív verse A franciaországi változásokra és A látó. 

A franciaországi változásokra című epigramma hatásához hozzájárul az az ellentét, mely a klasszikusan tagolt szerkezet és a képanyag túlzsúfoltsága között megfigyelhető. A kétirányú megszólítás („Nemzetek, országok...”; „S ti is...”), amely közös felszólításba fut ki, szinte költőietlenül célratörő. Az első négy sorban a „Nemzetek, országok” helyzetét bemutató képek („rút kelepce”; „kínos kötél”; „vas iga”) csak hangulatilag ismétlődő kifejezések, jelentésüket illetően nem. Voltaképpen a rabság két vonatkozását, eredetének (a csapdába esésnek) és állapotának (a megkötözöttségnek) mozzanatát villantja fel. A „gyászos koporsóba döntő vas igátok” kifejezés pedig a rabságban telő élet kilátásainak reménytelenségét jelzi. 

A költemény nemcsak esztétikai minősége miatt tartozik a jelentős művek sorába, hanem azért is, mert különleges helye van irodalmunk történetében: ez a történelmi pillanat igézetében fogant mű számít a magyar irodalom leginkább hiteles válaszának a francia forradalomra. 

Nem tudjuk pontosan, hogy a Kassán keletkezett epigramma 1789 nagy eseményei közül melyiknek a hatására keletkezett. Az azonban bizonyos, hogy nem egyezik a forradalmi Franciaország akkori állapotával. A vers ugyanis határozottan és élesen királyellenes: a „felszentelt hóhérok” kifejezés egyértelműen jelzi ezt, s nem vezethet félre a „jobbágy” szó sem, mely a korban főként ’alattvaló’ jelentéssel bírt. (A francia forradalom eseményei csak 1791 kora nyara után, a királyi család sikertelen szökési kísérletét követően vettek olyan fordulatot, melyek megfelelnek majd a Batsányi versben foglaltaknak.) Valószínű, hogy az epigrammában a II. József ellen fellépő nemesség indulata éppen úgy benne van, mint a mindenkori elnyomottak érzésének kifejezése az embertelen hatalmak ellen. 

Az 1791-ben keletkezett A látó című költemény a felvilágosodás legnemesebb törekvéseinek megvalósulását láttatja a forradalomban, amikor „Ama dicső nemzet” fiktív szózatát közvetíti: 

Álljon föl az erkölcs imádandó széki! 

Nemzetek, országok, hódoljatok néki! 

Uralkodjék köztünk ész, érdem, igazság, 

Törvény s egyenlőség, s te áldott szabadság! 

A nyílt királyellenesség („koronás gyilkosok”) és a jövőbe vetett bizakodás a korszak legradikálisabb megnyilatkozásai közé emelik a költeményt. 

Forradalmi ihletének kibontakozása a felvilágosult rendiségtől eljuttatta a polgári reformtörekvésekig, s az egységes és oszthatatlan haza fogalmáig. Ebben nagy szerepe volt Herder eszméivel való megismerkedésének. Batsányi is azt hirdette, hogy a történelemben a természeti erők következetességével tör előre a haladás, s ha az intézmények, gátolva a reformmunkát, feltartóztatják a fejlődést, ez erőszakos úton jut érvényre. Az európai hadakozásokra 1792 című költeménye jelzi, hogy hazájának sorskérdéseit nemzetközi összefüggésekben szemlélte. 

Börtönélményeiből remekművek születtek, az ún. Kufsteini elégiáik. teljesen szakított a barokk poétika imitációtanának követelésével és a belső élmény megragadására törekedett. E nagyszerű költemények a magyar irodalom történetében a szabadságvágy legszebb megnyilatkozásai közé tartoznak, s azt is elárulják, hogy Batsányi, akinek a köztudat szerint inkább volt tehetsége a retorikus költői szépségek megteremtéséhez, elégikus költőként is a magyar irodalom élvonalába tartozik. E versei (Tűnődés, A rab és a madár, A szenvedő) ciklust alkotnak; egy részüket Batsányi költőbarátjának és rabtársának, Szentjóbi Szabó Lászlónak szenvedései ihlették (Gyötrődés), másik részüknek lírai hőse maga a költő. Tűnődés 1795 című versének szerkezetét az áradó lamentáció adja, a költő gondolatai olyan térben szállnak, amelyet a hold, az álom, a lélek és az ég alkot, e teret pedig a fájdalom enyhülésének és erősödésének hullámzása tölti meg dinamikával. 

Bécsi éveinek főműve, életének egyik legnagyobb teljesítménye a német nyelven írt Der Kampf (A viaskodás, 1799-1809), melynek középpontjában az erény és igazság győzelméért küzdő ember áll. „A mű a magyar bonapartizmus legrangosabb irodalmi emléke, s egyben a kor politizáló európai értelmiségének egyik legértékesebb, és legtanulságosabb költői megnyilatkozása.” (Bíró Ferenc) 

Munkásságának utolsó negyedszázadában, elszakadva a hazai irodalmi élettől, még néhány fontos művet alkotott ugyan, de új értéket már nem hozott létre. A magyar tudósokhoz 1821 című tanulmányában, Kazinczy-ellenes éllel, támadta a túlzó neológiát. A magyar költő idegen, messze földön egy ihletett lelkiállapot bensőséges rajza után a segítségül hívott Múzsa által költőtársait, Baróti Szabót és Kisfaludy Sándort köszönti. Egész életében foglalkoztatta a nemzeti hőskultusz eszményképének tekintett Osszián műveinek lefordítása, de munkájának csak hét részlete ismeretes, ezekből életében négy jelent meg. Többször megkísérelte verseit kötetben kiadni, de erre csak 1827-ben (Versei) és 1835-ben (Poétai Munkáji) kerülhetett sor. 

A magyar felvilágosodás rendi, majd polgári változatát képviselte, bonapartizmusa pedig fejlődéstörténeti kapocs a jakobinus eszmék és a liberalizmus között. Az antikvitás szellemét a bárdköltő nemzeti ihletével egyesítette. Mindhárom korabeli versrendszert alkalmazta, s a gondolatritmus első hazai tanulmányozói közé tartozott.