Bercelen született 1746-ban (vagy 1747-ben). Sokgyermekes birtokos nemesi család sarja. 1755-60-ban a sárospataki kollégiumban tanult, ezután apja - nem tudni pontosan, miért - kivette az iskolából. Noha van rá adat, hogy házitanító foglakozott vele, ő úgy mondja később, hogy „öt évig hevert”. 

Tanulni voltaképp akkor kezdett, amikor 1765-ben két bátyja után ő is Bécsbe került Mária Terézia testőrségének magyar részlegébe. Nyelveket tanult, szenvedélyesen olvasott, megismerkedett a felvilágosodás eszméivel. 1769-ben szolgálati úton Itáliában járt. 1770-ben kezdett írni, 1772-től adta ki műveit. Közeli kapcsolatba került Kollár Ádámmal, Mária Terézia befolyásos tanácsadójával; Grass Frigyesnével, a királynő belső komornájával és bizalmasával; Beleznai Miklóssal, a magyar protestánsok vezetőjével. Az uralkodónő is figyelemmel kísérte sorsának alakulását, s hozzájárult, hogy az Ágis tragédiája neki szóló ajánlással jelenhessék meg. Kapcsolatot tartott íróbarátaival, Barcsay Ábrahámmal és Orczy Lőrinccel. 

1773-ban kilépett a testőrségből és a hazai protestánsok udvari kapcsolataiban bízva őt teszik meg bécsi ügyvivőjüknek, s ebben a tisztségben lényegében az évtized végéig megmarad. 1778-ban szakít hitsorsosaival; tevékenységét ugyanis gyanakvással szemlélték, miután az iskolareform híveként szembefordult az egyházi autonómiához ragaszkodó Teleki Józseffel. Bessenyei a felekezeti érdekek helyett már az „egész nemzet” keretei között gondolkodott, s ezen az alapon egyezkedni is hajlandó volt Béccsel. 

Akadémiai alapítási terve csődöt mondott, s hogy Bécsben maradhasson, 1779-ben áttért a katolikus vallásra. E lépését élete végéig súlyos hibának tartotta. 

1780-ban Mária Terézia udvari könyvtárossá nevezte ki. 1781-ben a Der Mann ohne Vorurteil (Az előítéletek nélküli ember) című német nyelvű lapot szerkesztette. 

A királynő halála után bizonytalanná vált helyzete. II. József 1782-ben megvonta évjáradékát, s így hazatért birtokára. Előbb szülőfalujában, majd Feketetótiban gazdálkodott. 

1787-ben a családi perpatvarok elől Pusztakovácsiba (ma Bakonszeg) költözött. 1790-ben Bihar megye táblabírája lett. Megismerkedett Kazinczy Ferenccel. 1796-tól ismét írt. Amikor 1804-ben tudomására jutott, hogy munkáinak megjelenését a cenzúra nem engedélyezi, letette a tollat, de gondoskodott műveinek fennmaradásáról. Kéziratait közvetlenül halála előtt a Nemzeti Múzeum Könyvtárának, másolataikat korábban a sárospataki kollégium könyvtárának adományozta. 

1811. február 24-én Pusztakovácsiban halt meg.