A magyar flórakutatás nemzetközileg elismert tudósa 1883. március 12-én a született Hegybányán, (ma: Pjarg - Csehszlovákia) Hont megyében. Falusi kovácsmester édesapja korán elhunyt, édesanyja nevelte az árván maradt családot. A tudományok iránt rendkívül fogékony Jávorka Selmecbányán (ma: Banská Stiavnica - Csehszlovákia) járt középiskolába. Közben tanított, munkát vállalt, hogy segítse testvéreit, előteremtse iskoláztatásának költségeit.

Egyetemi tanulmányait a budapesti Tudományegyetemen hasonló körülmények között folytatta. 1904-1905 között gyakornokként az egyetem Botanikus kertjében dolgozott. 1905-ben került át a Magyar Nemzeti Múzeum Növénytani Osztályára, ahol öt évtizeden keresztül a Kárpát-medence növényvilágának megismerésére, ismertetésére, a botanikai tudományok továbbfejlesztésére, fiatal munkatársai tanítására szentelte életét. 1940-ben nyugdíjazták, de még két évtizeden keresztül, élete utolsó napjáig változatlan energiával dolgozva, díjazás nélküli munkatársa volt a Növénytárnak.

1906-ban a "Hazai Onosma fajaink" című dolgozatával szerzett doktorátust, s egyben a szakmai körökben nagy elismerést. Szorgalmáról, szakmai tudásáról közismert tudóst 1919-ben a Tanácsköztársaság Közoktatásügyi Népbiztossága igazgatóőrnek nevezte ki. A Tanácsköztársaság leverése után e tisztségétől megfosztották, majd a tehetséges botanikust 1934-ben nevezték ki ismét a Növénytár igazgatójává, amelynek irányítását nyugdíjaztatásáig látta el. Élete fő feladatának a magyar flóra részletes és kritikai feltárását és azok összefoglalását tekintette.

Amikor 1905-ben a Magyar Nemzeti Múzeum Növénytani Osztályára került, megbízták az ottani "Flóra Hungarica" anyagának rendezésével. A későbbi "Herbarium Carpato-Pannonicum"-ban Kitaibel Pál és más neves gyűjtők hagyatékából származó növényi anyag várt feldolgozásra. Jávorka 1907-től közel két évtizeden keresztül aprólékos gonddal, nagy szakértelemmel foglalkozott ezek rendezésével. Szabad idejében ugyanakkor gyűjtőutakra járt, a terepen botanizált, s számos növényfajjal gyarapította a herbárium anyagát.

1924-25-ben jelent meg a "Magyar Flóra / Flóra Hungarica" című kétkötetes növényhatározója, amelyben 1307 oldalon dolgozta fel a Kárpátok, a Kárpátmedencei flóra fajait.

A hazai viszonylatban elsőként napvilágot látott mű mérföldkő a magyar flórakutatás történetében. Ugyanakkor nélkülözhetetlen kézikönyve lett a Közép-Európa délkeleti részének flórakutatói számára is. Megjelenésekor szakmai körökben osztatlan elismerést váltott ki. A Magyar Tudományos Akadémia 1926-ban alkotásáért - "amely nemcsak a magyarság dísze, de a Föld tudományos érdeklődését is teljes mértékben kielégíti" -, Marcibányi mellékjutalomban részesítette.

Jávorka az elismeréseken felbátorodva, egy évvel később

"A magyar flóra kishatározója" címmel elkészítette "A magyar flóra" rövidített változatát, mintegy 1000 növényfaj ábrájával (Magyar középhegység, a Nagy- és Kis-alföld és a Dunántúl egész területéről).

A rendkívül népszerű növényhatározót később követte az újabb, amelyet "Erdő-mező virágai" címmel hazánkban hat alkalommal, Csehszlovákiában háromszor adtak ki ismét, azzal a céllal "hogy a természetben nyitott szemmel járókat, a dolgozó parasztot, az erdészt, a túristát, azután a tanuló ifjúság, az úttörők kultúrszomjas, lelkes tömegeit megismertesse az erdő, mező, szikla és homokbucka, vízpartok és szikes mezők. . . leggyakoribb növényeivel . . . A gyakorlati célok, mint pl. a célszerű erdő-rét és legelőgazdálkodás, gyógynövénygyűjtés pedig egyenesen megkövetelik, hogy az ország természetes növényállományának legalább fontosabb tagjait, növényfajtáit, növénytársulásait megismerjük, hogy a természet életjelenségeit népgazdaságunk céljaira hasznosíthassuk" írta tudománynépszerűsítő munkája bevezetőjében a szerző.

A nagy növényhatározó kiegészítéséül ugyancsak ebben az időszakban jelent meg füzetenként 1926-1934 között másik jelentős műve, a "Magyar Flóra képekben" címmel, amelyhez mintegy négyezer növény rajzát Csapody Vera munkatársa készítette el. E művészi rajzokkal kiegészített tudományos munkát ma is az európai botanikai irodalom egyik legértékesebb termékeként tartják számon. 1975-ben a Magyar Tudományos Akadémia ismét kiadta, - majd németül is 1979-ben - amelyben a botanikai tudomány további haladásának megfelelően szükséges kiegészítéseket a szerző egykori munkatársai-tanítványai készítettek el. Az 576 oldalas mű 40 színes táblán, 576 oldalon 4090 rajzával a hazai és külföldi botanikusok, ökológusok, erdő- és mezőgazdasági szakemberek, a növénykedvelők hasznos könyve.

Jávorka nevéhez fűződik Kitaibel Pál (1757-1817) polihisztor, a kor legnagyobb hazai természettudósa hagyatékából származó herbárium anyagának rendezése is.

E páratlan értékű gyűjtemény növényeinek feldolgozását 1926-1936 év között 477 lapon folyamatosan közölte az Annales Musei Nationalis Hungarici tudományos folyóiratban. Két évtizeddel később monográfiát írt a nagy botanikus életéről, munkásságáról.

Tudományos tevékenysége 1945 után, az új társadalmi rend kialakulásával egyidejűleg újabb lendületet kapott. 1948-ban társszerzőkkel együtt elkészítette a "Magyar gyógynövények" kétkötetes, majd három évvel később ugyancsak társszerzőkkel "A magyar növényvilág kézikönyve" című munkát. Mindezek mellett több tanulmánya jelent meg a florisztika és a növényföldrajz kérdéseiről.

Utolsó, nagyobb lélegzetű munkájának, "A magyar kerti dísznövények kézikönyve és színes atlaszá"-nak kéziratát még sikerült befejeznie, de a mű kiadását már nem érhette meg. A mű "Kerti virágaink. Középeurópai dísznövények színes atlasza" címen 1962-ben jelent meg.

Munkáinak száma több, mint 220, köztük 18 könyv.

Jávorka Sándor tudományos irodalmi munkásságán túlmenően élete utolsó napjáig kutatta a magyar és az európai országok flóráját. Feljegyzései szerint közel kétezernégyszáz napot töltött terepen. Ebből mintegy négyszáz napot a szomszédos, de főleg a Balkán hegyvidék flórájának megismerésére fordított. Szakmai körökben Délkelet-Európa flórájának egyik legjobb ismerőjeként tartották számon. Albánia, Bulgária növényeinek vizsgálatain túlmenően gyűjtötte és tanulmányozta Ausztria, Csehszlovákia, Franciaország, Lengyelország, Románia, Svájc, a Szovjetunió gazdag növényvilágát, s közben szoros kapcsolatot tartott azok neves botanikusaival. Több mint száz növényalaknak ő adott nevet, s tisztelői 40 növényt róla neveztek el. Hat évtizedes kutatóútja során 220 000 lap herbáriumi növényt gyűjtött.

Ugyancsak rendkívül jelentős volt közéleti tevékenysége. A Magyar Biológiai Társaság első elnökeként hathatósan támogatta a megalakult szakosztályok tudományos működését. Közel hatvan éven át segítette a botanikai szakosztály munkáját, számos tanulmányával gazdagította a "Botanikai Közlemények"-et. Mindezek mellett a TIT Biológiai Szakosztálya Országos Választmányának elnökségi tagjaként, a budapesti biológiai szakosztály társelnökeként népszerűsítő tudományos tevékenységével sokezer természetet kedvelő tudását gyarapította.

1959-1961 között főszerkesztője volt az "Acta Botanica Hungarica" című tudományos botanikai szaklapnak. Ugyancsak főszerkesztőként irányította a Magyar Tudományos Akadémia Agrártudományok Osztálya keretében elindított "Magyarország Kultúrflórája" című sorozat előkészítő munkáit, amelyet "a magyar mezőgazdaság alapján alkotó termesztett növények egységes és egyúttal részletekbe menő korszerű ismertetésére szolgáló" nélkülözhetetlen műnek tekintett.

A kultúr-flóra sorozat "A gesztenye" című kötetében ő írta meg a növény botanikai fejezetét, de a megjelent művet már nem vehette kézbe.

Tudományos munkája elismeréséül a Magyar Tudományos Akadémia 1936-ban levelező, 1943-ban rendes tagjává választotta. 1939-ben a Szegedi Tudományegyetem pedig egyetemi tanári címet adományozott részére. A Magyar Népköztársaság érdemei elismeréséül 1952-ben Kossuth díjjal, 1953-ban 70. születésnapján a Magyar Népköztársaság Érdemrenddel, 1958-ban a Munka Vörös Zászló Érdemrenddel tüntette ki.

1961. szeptember 28-án hunyt el Budapesten. Az egykori kovácsmester fia tehetségével, szorgalmával, vele párosult szerény, mindenkit segíteni akaró egyéniségével példaképévé vált a munkáját folytató, hivatását szerető ifjabb nemzedéknek. A Természettudományi Múzeum Növénytára a "Jávorka Sándor emlékszobában" féltő gondossággal őrzi a kitűnő botanikus felbecsülhetetlen értékű szellemi örökségét nélkülözhetetlen munkatársa, Csapody Vera hagyatékával együtt.

Főbb munkái:

Magyar flóra (Flora Hungarica). I-II. köt. Magyarország virágos és edényes virágtalan növényeinek meghatározó kézikönyve. Bp., 1925. 1307. lap.

Kitaibel herbáriuma. Herbarium Kitaibelianum. Annales Musei Nacionalis Hungarici. I-VI. 1926-1945.

A magyar flóra kis határozója. (A rajzokat készítette Csapody Vera.) Bp., 1937. 346 lap.

Kitaibel Pál. Bp., 1957. 215 lap.

Jávorka Sándor-Csapody Vera: A magyar flóra képekben. Iconographia Florae Hungaricae. Bp., 1929-1934. 23 lap + 40 színes, 576 fekete és 25 fényképtábla.

Augustin Béla-Jávorka Sándor-Giovannini Rudolf-Rom Pál: Magyar gyógynövények. I-II. köt. Bp., 1948. 494, 190 lap.

Jávorka Sándor-Csapody Vera: Erdő-mező virágai. A magyar flóra színes kis atlasza. Bp., 1950. 159 lap + 100 tábla.

Soó Rezső-Jávorka Sándor: A magyar növényvilág kézikönyve. I-II. köt. Bp., 1951. 1120 lap.

Jávorka Sándor-Csapody Vera: Kerti virágaink. Közép-európai dísznövények színes atlasza. Bp., 1962. 156 lap + 100 tábla.

Jávorka Sándor-Maliga Pál: A gesztenye. Castanea sativa Mill. Bp., 1969. 123 lap.

Jávorka Sándor-Csapody Vera: Iconographia florae partis Austro-Orientalis Europae Centralis. Közép-Európa délkeleti részének flórája képekben. Bp., 1975 576 lap.