1697-ben a császári katonaság viszonylag könnyen elnyomta a lázadást Hegyalján, ám az elégedetlenség nem csillapodott. Hat évvel később a parasztok Esze Tamás vezetésével újabb felkelést terveztek. Vezetőjüknek II. Rákóczi Ferencet szerették volna megnyerni. Azért bíztak meg benne, mert tudták, hogy annak a Zrínyi Ilonának a fia, aki gyűlölte a Habsburgokat, s nő létére Munkácsot védelmezte ellenük.

Esze Tamás 1703-ban Brezánban, Lengyelországban kereste föl Rákóczit. A főúr kiáltványt bocsátott ki, melyben zászlaja alá hívta az ország nemeseit és parasztjait egyaránt. Hazatérve, Vetésen pátensben, vezéri parancsban mentesítette a katonának állt jobbágyok feleségét és gyermekeit a szolgáltatások alól. Egyúttal megtiltotta, hogy hívei a nemesek udvarházait kirabolják, felégessék. A pátens megtette hatását. A magukat kurucoknak nevező seregekhez özönlöttek a földművesek.

Alig fél év alatt a kuruc hadak elfoglalták Magyarország jó részét, sőt Bécs falai alatt is megjelentek. A Habsburgok eleinte nem tehettek semmit. Erejüket lekötötte az a háború, amit a francia királlyal folytattak a spanyol trónért. 1704 nyarán azonban a császárnak sikerült nyugati ellenfeleit megverni. Rákóczi belátta, hogy nem tudja egyesíteni seregét a franciákéval. Mégsem adta föl, hogy a császár ellen szövetségeseket keressen. A magyar történelemben először nemcsak az uralkodókat, hanem alattvalóikat is igyekezett meggyőzni harcának igazságos voltáról. Latin nyelvű röpiratot adott ki, s azt eljuttatta több európai országba.

Rákóczi nem akarta, hogy az új császárral, I. Józseffel (1705—1711) szemben álló vagy semleges államok vezetői lázadónak tekintsék. Igyekezett törvényessé tenni Erdély és Magyarország feletti hatalmát. 1704-ben a rendek erdélyi fejedelemmé választották, az 1705-ben Szécsényben összeült országgyűlésen pedig Magyarország vezérlő fejedelmének címével ruházták fel. A fejedelem a hadügyekben és a külföldi kapcsolatokban is dönthetett. Más kérdésekben a 24 tagú szenátussal együtt kellett határoznia. Ígéretet tett, hogy rendszeresen összehívja az országgyűlést, hogy a rendek bizalmát megőrizhesse, s ne vádolhassák, hogy csak saját hatalmával törődik.

Rákóczi először a hadsereget akarta megerősíteni. A kuruc felkelők szedett-vedett fegyverzetükkel, rossz felkészültségükkel aligha állhattak ellent tartósan a császári haderőnek. Ráadásul a katonák nem egy esetben elégedetlenkedtek tisztjeik miatt is. A fejedelem gondosan ügyelt arra, hogy a tisztek a nemesség soraiból kerüljenek ki, s így a felkelés ne válhasson parasztháborúvá. A jobbágy származású katonák viszont egy-egy balul sikerült csata után az urak árulását emlegették.

Seregének jobb felszerelése végett a fejedelem puskapor- és fegyvergyártó üzemeket állított föl. Sikerült a kuruc sereg fegyelmét is javítania. A katonákat egyenruhával látta el, s a tiszteket is igyekezett jobban kiválogatni. A kiadások fedezésére azonban a fejedelem tekintélyes birtokainak jövedelme kevésnek bizonyult. A francia király, XIV. Lajos ugyan küldött segélyt, ám ez sem volt elegendő. Rákóczi kénytelen volt a korábbi arany- és ezüstpénzek helyett rézérméket veretni, amit parancsára az egész országban el kellett fogadni.

A fejedelem reformjai 1707-re eredményeket hoztak. Legendás tábornoka, a csak fél szemével látó Vak Bottyán az egész Dunántúlt elfoglalta. Esze Tamás pedig Erdélyt hódoltatta meg. Egyik vezér sem volt nagyúr. Vak Bottyán kisnemesnek, Esze Tamás pedig jobbágynak született. Mindez jelzi, hogy Rákóczi megbecsülte alacsony származású, de tehetséges főtisztjeit is.

1707 nyarán szinte az egész ország a kuruc had kezére került. Az Ónodra összehívott országgyűlésen a követek egyhangúan kiáltották: „Eb ura fakó! József császár nem királyunk!” I. József királyt és a Habsburgokat megfosztották a tróntól, és kikiáltották Magyarország függetlenségét. A nemesek lemondtak évszázadok óta fönnálló kiváltságukról, és önként vállalták, hogy adót fizetnek.

Hamarosan kiderült, hogy a hosszas háborúban az ország ereje egyre inkább kimerülőben van. A katonák rézpénzükért nem tudtak élelmet vásárolni. A nemesek adózását sem sikerült megvalósítani. Az urak a tiltás ellenére egyre gyakrabban rendelték vissza a katonaságból jobbágyaikat dolgozni. Pestisjárvány is felütötte a fejét. Ez ötször annyi áldozatot szedett, mint a háború. A kuruc sereget több katonai vereség is érte, végül csak a Tiszán túl maradtak területek a fejedelem kezén.

Rákóczi csak a Nagy Péter orosz cárral 1707-ben megkötött szövetségben bízhatott. 1711 tavaszán elindult Lengyelországba, hogy a cártól katonai segítséget kérjen. A császári hadak élén ekkor egy magyar generális, Pálffy János állt. Pálffy tudta, hogy Bécs a kuruc sereg teljes megsemmisítésére és az ország leigázására törekszik. Sokan emlékeztek még rá, hogy I. Lipót idején, amikor mindössze néhány magyar nagyúr lázadt fel a Habsburgok ellen, az egész országot sújtotta a büntetés, az egész magyarság jogait vették semmibe. Ezért a kurucok oldaláról is többen gondolták úgy, hogy még a teljes vereség előtt kellene békét kötni. Azt remélték, hogy a császár így legalább néhány engedményt fog tenni. Károlyi Sándor gróf, akire Rákóczi a parancsnokságot ruházta, szintén ezen a véleményen volt.

1711. április 30-án Szatmáron megkötötték a Rákóczi-szabadságharcot lezáró békét. Ebben a felkelőknek megígérték, hogy nem büntetik meg őket. Helyreállították a magyar országgyűlés és a nádor jogait is. Cserébe mindezért a rendek hűséget esküdtek az akkor már két hete elhunyt I. Józsefnek. Az alkunak része volt az ország belsejében álló erődök lerontása, felrobbantása is. Igen sok középkori eredetű, a törökkort átvészelő vár lett ekkor az enyészeté.

A béke kiterjedt II. Rákóczi Ferencre is. Cserébe az uralkodói címéről való lemondásért a király még a birtokait is visszaadta volna. Ám Rákóczi — sok hívével együtt — inkább a száműzetést választotta. Franciaországban eleinte szívesen fogadták őket. Rákóczi huszárparancsnoka, Bercsényi fia vitézeivel belépett a francia hadseregbe (az ezred máig az ő nevét viseli). Ám, miután a francia király és a német császár békét kötött egymással és XIV. Lajos meghalt, a fejedelemnek távoznia kellett. A szultán hívására ekkor Rákócziék Törökországba mentek. Rövid idő után egy kis faluban, Rodostóban kellett letelepedniük. A bujdosók nélkülözéseiről, számkivetettségéről híven számolnak be Mikes Kelemen levelei. II. Rákóczi Ferenc itt, Rodostóban halt meg 1735-ben. Holttestét csak 1906-ban hozták vissza Magyarországra, s a kassai dómban temették el.