Európa vallási életében a XVI. század sok újdonságot hozott. Addig Magyarország és a tőle nyugatra lévő európai nemzetek egy valláshoz, a katolikushoz tartoztak. Luther föllépése után ez megváltozott. A protestáns tanítást elfogadók különváltak a katolikus egyháztól.

Luther tanítása gyorsan eljutott Magyarországra is. Eleinte az erdélyi szász városok és az északi bányavárosok német nyelvű lakossága fogadta el az új hitet. A Felvidéken élő szlovákok egy része idővel szintén átvette a lutheri tanítást. A hitújítás számos követőre talált II. Lajos feleségének, Máriának (Habsburg Mária) az udvarában is. Magyarok kezdetben csak kevesen követték Luther elveit. Mégis, sok jelből lehetett sejteni, hogy hazánkban is meg fog jelenni és hódítani fog az új hit.

A templomokban, kolostorokban a latin mellett egyre inkább terjedt az anyanyelv. Báthory László pálos szerzetes az egész Bibliát lefordította magyarra. Ez nem maradt fönn, de Ráskai Lea apáca műve, mely Szent Margit életét anyanyelven írja le, máig olvasható. Magyarul prédikáló szerzetesek is voltak (Laskai Osvát, Temesvári Pelbárt). Az anyanyelvű irodalom mellett azonban számos szomorú dolog is siettette a protestantizmus hazai elterjedését. A főpapok gyakran erkölcstelen életet éltek. Bakócz Tamás, a híres esztergomi érsek sok művészt támogatott ugyan, ám amikor a pápai trónt megpróbálta megszerezni, elöl járt a vagyon elherdálásában és a paphoz méltatlan viselkedésben. A török veszedelem idején a királyok is elősegítették a züllést. Nekik jó katonákra, s nem imádkozó, erkölcsös főpapokra volt szükségük. Gyakran vallási dolgokban teljesen tudatlan embereket tettek meg püspökké, érsekké. A nép elégedetlensége megmutatkozott a Dózsa-féle felkelés alatt is. A parasztok nemcsak a nemesek, hanem a papok birtokait is felperzselték.

A seregnek igét hirdető ferencesek közül sokan lettek később protestáns prédikátorok, tanítók. Kopácsi István mellett Dévai Bíró Mátyás tűnt ki közülük. Ő kiváló szónoki képességei miatt követőitől a „magyar Luther” elnevezést érdemelte ki. Szkhárosi Horváth András korábban szintén ferences barát volt. Talán a parasztháború tapasztalatai vitték rá, hogy a néphez fordulva könnyen megtanulható versekben fogalmazzon. Költeményeiben a „pápista”, azaz a pápát követő katolikus papok ellen gyakran nagyon élesen kelt ki.

A magyarországi protestantizmus első néhány évtizedében elsősorban a hagyományos katolikus intézmények és külsőségek ellen indított támadást. Hitték és vallották, hogy az Isten kegyelme fölöslegessé teszi ezeket, mert a hit önmagában elegendő az üdvösséghez. Ezért elvetették a búcsút, a körmeneteket, a vezeklést és a szerzetességet. Isten és ember között közvetítőnek csak Jézus Krisztust tartották. A Biblia ismeretét sokkal többre értékelték mint korábban, és szükségesnek tartották minél szélesebb körben való olvasását. Szemben ellenfeleikkel, akik hagyományosan hét szentséget vallottak igaznak, Luther és Kálvin hívei csak a keresztséget és az úrvacsorát tartották annak.

Az új hit az első évtizedekben az ország két területén terjedt el: Nyugaton és az Erdélyi Fejedelemségben. Nyugaton, a királyi Magyarországon a nagybirtokosok fogadták be a hirdetőit, a prédikátorokat. Régi magyar szokás szerint a földesúr maga jelölhette ki, hogy a birtokán lévő templomokban ki legyen a pap. Ha az úr áttért az új vallásra, akkor a neki alávetett nép is protestáns lett. Ezt a katolikus Habsburg uralkodó is sokszor kénytelen volt eltűrni. Ellenkező esetben ugyanis könnyen megtörténhetett, hogy a birtokos átpártolt János királyhoz.

A protestantizmus hirdetői nem elégedtek meg Luther tanításával. Megismerve Kálvin nézeteit, sokan annak követőivé váltak. Központjuk Debrecen lett. Itt Kálmáncsehi Sánta Márton hirdette meg az új hitet. Hívei hamarosan vezetőjükké, püspökükké választották. Munkáját a tanultságáról, de főleg szónoklatairól híres Méliusz Juhász Péter fejezte be. Több tanácskozáson, zsinaton elérte, hogy a Tiszántúl és Északkelet-Magyarország lakossága az 1567-es debreceni és az 1570-es csengeri zsinat után szinte teljes egészében a kálvini vallás, a reformáció követője legyen. A prédikátorok a Dunántúlon is igyekeztek elterjeszteni a református hitet. Itt a Luthert követő nagybirtokosok állták útjukat.

Erdélyben elsőnek a szász városok lettek Luther követői. Honterus János buzgólkodása nyomán a szászok számára 1547-től kötelező lett a hitújítás elfogadása. Szapolyai János és Martinuzzi György barát (aki bíborosi kinevezést is kapott a pápától) eleinte igyekezett a katolikus vallást fenntartani, ám nem sok sikerrel. Erdély katolikus püspöki székét 1542 óta nem töltötték be. Először a püspökség, majd más katolikus intézmények vagyona is világi emberek kezére jutott. 1550-ben a szászok elismertették, hogy szabadon követhetik Luther hitét. 1564-ben Tordán a református hitelvek követői kapták meg az engedélyt vallásuk követésére.

A magyarországi és erdélyi reformáció Kálvin tanításának nyomában született meg, sok szempontból azonban el is tért attól. A hazai református templomok sokkal díszesebbek, mint svájci vagy németalföldi társaik. Mennyezetükön, padjaikon virágminták, színes festmények mutatják a magyarság díszítő hajlamát. Annak ellenére, hogy szomorú korban, a török pusztítás idején jelent meg Magyarországon ez a vallás, nyoma sincs annak a komorságnak, ami Kálvint és követőit jellemezte.

A katolikus, a lutheránus (evangélikus) és a kálvinista (református) vallás tanítása megegyezett abban, hogy az Atya mellett a Szentlélek és Krisztus is isteni személy. Ám Erdélyben föltűntek olyan prédikátorok, tanítók, akik ezt elvetették. Ők azt vallották, hogy Jézus Krisztus nem Isten, mindössze a valaha élt legkiválóbb ember. Mivel csak egyetlen isteni személyt ismertek el, a latin egy, unus szó után unitáriusoknak nevezték el őket. Az egyik első ilyen tanító János Zsigmond Itáliából jött udvari orvosa volt. Nézeteinek hamarosan megnyerte az Erdélyben született Dávid Ferencet is. Dávid németországi tanulmányai után Luther lelkes követője lett. Hazatérve Erdélybe, a lutheránusok püspökké választották. Dávid Ferenc azonban tovább kereste az igaz hitet. Kálvin híve lett, majd áttért az unitarizmusra. János Zsigmond segítségével elérte, hogy új vallása (negyedikként) a többivel egyenrangú legyen. Az ezt kimondó 1571-es országgyűlés azonban elhatározta, hogy további vallási újításokat nem engedélyez. Erdély urai ugyanis attól tartottak, hogy országuk még jobban megoszlik. A szigorú tilalmat azonban a nyughatatlan Dávid Ferenc megszegte. Eldöntendő, hogy Dávid bűnös-e, Báthory István fejedelem helytartója hitvitát rendelt el. Mivel Dávid nem akart válaszolni a kérdésekre, börtönre ítélték, ahol hamarosan meghalt. A Dávid Ferenc elleni hitvita csak egy volt a sok közül, amit akkoriban Erdélyben és Magyarországon rendeztek. A különféle tanok hirdetői ezeken a hitvitákon próbálták eldönteni, kinek van igaza. A hitviták a tudás próbái is voltak. Többnyire a fejedelem vagy a nagybirtokos ítélkezett, akinek a színe előtt a vitát rendezték. A vitatkozók hangja elég gyakran eldurvult, s az ellenfelek egymást hazugnak, az igazság eltorzítójának, sőt ellenségnek kiáltották ki. A vitákat nem csak szóban vívták meg. Sokat közülük a kor új találmányán, a nyomdagépen sokszorosították. Kinyomtatásra persze nem csak a hitvitázó irodalom került. Károli Gáspár református lelkész teljes terjedelmében lefordította magyarra a Bibliát. Az elsőnek Vizsolyon, 1590-ben kinyomtatott mű később nagyon sok kiadást ért meg, és a magyar reformáció egyik legmaradandóbb alkotása lett.