Az ország újraegyesítését és a török kiűzését nem csak Erdélyben tartották elérendő célnak. A királyi Magyarországon is hasonlóan gondolkodtak az ország urai. Az ő terveikben Habsburg-uralkodó vezetése alatt történő egyesítés szerepelt. Ám Rudolf király (1576—1612) életében erre nem kínálkozott lehetőség. Az uralkodó ugyanis egyáltalán nem volt tekintettel a magyar érdekekre, s csak a Bocskai-felkelés után kezdett a rendekkel egyezkedni.

Rudolf öccse, II. Mátyás (1608—1619) a magyar urak támogatásával lemondatta a bécsi béke pontjait megszegő Rudolfot. Ezért az 1608-as országgyűlésen számos engedményt tett a rendeknek. Visszaállította a nádor hagyományos jogkörét, aki újra a király helyettese lett. Megígérte, hogy a nemesek beleegyezése nélkül nem indít háborút. Ígéretet tett, hogy betartja a Rudolf által gyakorta megszegett, a szabad vallásgyakorlatot engedélyező törvényeket. Cserébe az országgyűlés — melyen a főurak és főpapok a felsőtáblán, a vármegyei nemesség által küldött követek pedig az alsótáblán tanácskoztak — beleegyezett II. Mátyás megkoronázásába.

II. Mátyás és két utóda, II. Ferdinánd (1619—1637) és III. Ferdinánd (1637—1657) idejében sokan úgy látták, hogy lehetséges a magyar rendek és a Habsburg-uralkodó összefogása. Pázmány Péter esztergomi érsek mellett (l. a 20. fejezetben) Esterházy Miklós nádor próbálta a magyar nemességet erről meggyőzni. Mindketten úgy gondolták, hogy lehetséges Erdély és Magyarország egyesítése és a török kiűzése. A két főúr szerint ehhez először a királyi országrész egységét kellett volna megteremteni, amit a protestánsok katolikus hitre való visszatérítésével akartak elérni. A cél érdekében számos barokk stílusú templomot építettek, iskolákat hoztak létre. Ezek egy részét a jezsuita rendre bízták, mert a térítés munkáját ők folytatták leghatékonyabban. Kiújultak a hitviták, és sor került protestáns templomok elvételére is.

Az 1650-es évekre kiderült, hogy a Habsburg-uralkodók számára a török kiűzése nem sürgős. Néhány csalódott magyar főúr ezért úgy gondolta, hogy erővel kellene az udvart rákényszeríteni erre. A tervet II. Rákóczi György erdélyi fejedelem is támogatta. A felkelésre azonban mégsem került sor, mert Pálffy Pál nádor, aki összefogta az elégedetleneket, meghalt.

A főúri csoport másik fontos vezetője Zrínyi Miklós volt. (Dédapjának, a szigetvári hősnek a nevével a 17. fejezetben találkozhattunk.) Nemcsak a vitézi virtust örökölte őseitől, hanem a kor egyik legműveltebb személyisége. Zrínyi Miklós költőnek, írónak is kiváló volt. Szigeti veszedelem című verses eposzában, hőskölteményében nemcsak ősének, a nagy hadvezérnek állított emléket, hanem egyben kortársait is buzdította az ekkorra meggyengült török elleni harcra. A Tábori kis tractában és a Vitéz hadnagyban már azt is hangsúlyozta: ehhez a háborúhoz jól szervezett és vezetett, önálló magyar hadsereget kell felállítani. De csalódnia kellett. Az udvar tétlenül nézte, hogy a szultáni hadak Erdélyre törjenek, és akkor sem tett semmit, amikor két fejedelem is a csatamezőn vesztette életét. 1663-ban Zrínyi ezért újabb művel fordult a nemzethez. A Török áfium ellenvaló orvosság című kiáltvány megrázó erővel követelte, hogy a békét rendre megszegő ellenséggel végre számoljon le az udvar. I. Lipót császár és király (1657—1705) vonakodott ugyan, de a német fejedelemségekből alakult Rajnai Szövetség Zrínyi mellé állt. Amikor a török a fontos, északi végvárt, Érsekújvárt is bevette, nem lehetett tovább várni a támadással. Lipót király a fővezérséget Zrínyire bízta. Bécsben úgy gondolták: ha győz, az jó, mert emeli az udvar dicsőségét, de ha veszít, az sem baj, mert a magyar urak nem fognak máskor neki hinni.

Zrínyi Miklós 1664 januárjában indította meg azt a téli hadjáratnak nevezett támadást, amellyel egész Európát ámulatba ejtette. Az igen hideg télben az ellenség nem készült fel a védelemre, így Zrínyinek sikerült egészen Eszékig eljutnia. Itt állt a Dráván az a fahíd, amelyen a dunántúli, török kézben lévő váraknak élelmet, fegyvert szállítottak. Felgyújtásával a magyar sereg elérte, hogy ezek a végvárak utánpótlás nélkül maradjanak.

Lipót és tanácsadói megrettentek a fővezér sikereitől. Zrínyit leváltották, az udvar által helyébe állított parancsnok pedig egyre hátrált. Pedig jó esély kínálkozott volna a török kiverésére. A Szentgotthárdnál 1664 nyarán megvívott ütközet a keresztény sereg fényes győzelmét hozta. Ám Bécs nem használta ki a lehetőséget. Vasváron gyorsan békét kötöttek a szultán követeivel, minden hódítást az ellenség kezén hagyva. Zrínyi Miklós alig néhány hónappal élte túl a magyarok által szégyenteljesnek tartott békét. 1664. november 18-án egy vadászbaleset során meghalt. Szinte mindenki úgy gondolta: Bécs merénylete végzett a hős hadvezérrel.

A vasvári béke miatt elkeseredett magyar főurak újra felélesztették Pálffy Pál és társainak tervét. A Wesselényi Ferenc nádor vezette csoport elképzelése szerint nemesi felkelést kellett volna szervezni. Ennek célja egy, a rendek által irányított, Habsburgoktól független állam megszervezése volt. Bécs azonban időben értesült a szervezkedésről. A vezetők egy részét, Nádasdy Ferencet, Frangepán Ferencet és Zrínyi Miklós testvérét, Zrínyi Pétert felségsértésért perbe fogták, elítélték és lefejezték. (Wesselényi már korábban meghalt.) Az udvar bosszúja nem csak a tervezett felkelés vezetőire terjedt ki. I. Lipót és tanácsadói azt hirdették, hogy az összeesküvéssel az egész magyarság elvesztette jogait. Az udvar nem hívott össze országgyűlést, és nem engedélyezte a nádorválasztást. Az ország élére német kormányzót állítottak. A protestánsok szabad vallásgyakorlatát megszüntették. Hétszáz, javarészt kálvinista prédikátort rendeltek Pozsonyba. Nekik hitük megtagadása vagy a gályarabság között kellett választaniuk. Ez talán még a halálos ítéletnél is rettenetesebb büntetés volt: lassú, kínos halált jelentett. A lelkészek közül sokan inkább vállalták ezt a sorsot, de hitüket nem hagyták el. Őket később egy holland admirális szabadította ki. Elbocsátották a megbízhatatlannak tartott végvári katonákat is. Helyükbe német zsoldosokból álló őrséget állítottak. Megnövelték az adókat. A nincstelenné tett végvári vitézek, az üldözött protestáns lelkészek, a birtokaiktól megfosztott nemesek, az adó miatt földönfutóvá vált jobbágyok számára nem maradt más megoldás, mint a menekülés. Az Erdély és a hódoltság határán bujdosók, kóborlók magukat kurucoknak nevezték. Többségük fegyverforgató ember volt.

Apafi Mihály erdélyi fejedelem (1662—1690) felismerte, hogy a török által tönkretett hadserege helyett a bujdosók alkothatnák katonaságának magvát. Ám ők nem akartak az uralkodó parancsainak engedelmeskedni. Saját maguk közül választottak fővezért Thököly Imre személyében.

Thököly a lovas harchoz kiválóan értő, cselvetésben jártas, igénytelen és kitartó kurucai élén a gazdag Észak-Magyarország ellen indult. Ebben legfőbb segítsége Ibrahim budai pasa volt. A császári seregeket több ütközetben sikerrel győzte le, s elfoglalta Kassát is. A győzelmek után Ibrahim pasa a szultán nevében kinevezte Thököly Imrét Felső-Magyarország fejedelmének. Ezzel az ország négy részre szakadt szét: Erdélyre, Thököly fejedelemségére, a királyi Magyarországra és a hódoltságra.

A kurucok sikerei I. Lipótot is megrettentették. Német katonái nemigen tudtak a támadóknak ellenállni. A magyarok pedig, még a császár hűségén maradt labancok egy része is, rokonszenvvel figyelték Thököly csapatainak sikereit. A király joggal tarthatott attól, hogy a kezén maradt nyugati vármegyéket is elveszti. Ezért kénytelen volt a korábbi büntető intézkedéseit javarészt visszavonni. Az 1681-es országgyűlésen nádort választottak, visszaállították a régi adózási rendszert, sőt a protestánsoknak is megengedték az istentiszteletek megtartását.