Bocskai István megüresedett trónját a Báthory-család sarja, Báthory Gábor (1608— 1613) nyerte el. Az uralkodó azonban nem örökölte ősei tehetségét. Rövid uralma alatt hibát hibára halmozott. Magára haragította katolikus alattvalóit csakúgy, mint a szász városok polgárait, akiknek kiváltságait elvette. A fejedelem betegesen gyanakvó volt, leghűbb embereiben sem bízott. A fiatal, de tehetséges hadvezért, Bethlen Gábort is árulással gyanúsította. Bethlen a törökhöz menekült.

1613 őszén török sereg lépte át Erdély határait. Élén egy hadvezér, Szkender bég lovagolt. Mellette egy török ruhás ifjú mutatta az utat. Bethlen Gábor, a leendő fejedelem volt az. Miután el kellett menekülnie szülőföldjéről, ígéretekkel és ügyességgel elérte, hogy a szultán személyesen fogadja. A török császárt meg tudta győzni: adja neki Erdély trónját. Kolozsvárra érve a bég országgyűlést hívatott egybe, s a nemesek elé Bethlen Gábort állította fejedelemjelöltként. A megrettent urak nem tehettek mást: megválasztották uruknak.

Bethlen Gábor (1613—1629) uralma kezdetén tapasztalhatta, hogy hatalma milyen bizonytalan. Bár elődjétől nem kellett tartania, hiszen Báthory Gábort a hajdúk meggyilkolták, Bethlent eleinte csaknem mindenki gyűlölte. Ám a fejedelmet nem zavarta ez. Belső reformok sorával szilárdította meg Erdély helyzetét. Az üresen kongó kincstárt igyekezett megtölteni. Elődjei a legtöbb állami jövedelmet eladományozták. Ezeket Bethlen csaknem hiánytalanul visszaszerezte. Az adóterheket a három nemzet között arányosan osztotta meg. A szászoknak visszaadta kiváltságaikat — cserébe Gyulafehérvár lerombolt falait velük állíttatta helyre. Törvényt hozott arról is, hogy Erdély becses termékeit, a marhát, a bőrt, a sót, a mézet, méhviaszt, a vasat és a higanyt csak a fejedelmi udvar adhatja el külföldön.

1618-ban a cseh protestánsok fellázadtak a Habsburgok ellen. Erdély kálvinista ura számára nem volt kétséges, hogy meg kell segítenie őket a katolikusok ellenében. II. Ferdinánd császár és király (1619—1637) katonái hátrálni kényszerültek, s az erdélyi sereg Bécset ostromolta. Bár a császári főváros falai alól Bethlen hada dolgavégezetlenül távozott, Észak-Magyarország szinte teljes egészében a hatalmába került. A magyar nemesek 1620 nyarán Bethlent királyukká választották.

Bethlen Gábor igazi arca ekkoriban mutatkozott meg. A fejedelem, akit alig pár éve még szinte mindenki árulónak tartott, most tehetséges hadvezérnek és bölcs diplomatának bizonyult. Bár királyságába a szultán is beleegyezett, mégsem koronáztatta meg magát, mert tudta, hogy a török túl nagy árat kér cserébe a támogatásért. A Habsburgokkal is óvatosan tárgyalt. A nikolsburgi békében (1621) Bécs ismét elismerte Erdély függetlenségét.

Bethlen nem csak katonaként mutatkozott bölcs uralkodónak. Az udvarába látogató diplomaták némelyike arra számított, szegényes körülményekkel találkozik, de a fejedelem környezete semmiben sem maradt el a nyugat-európai uralkodóké mögött. Brandenburgi Katalinnal kötött házassága is azt a célt szolgálta, hogy a többi fejedelemmel egyenrangúnak tartsák. A soknemzetiségű és sokvallású Erdélyben Bethlen a hitéletben is igyekezett az egyensúlyt megőrizni. Maga kálvinista lévén, különösen ezt a vallást támogatta. Bár békéiben rendre megígérte, hogy az elvett katolikus javakat visszaadja, a katolikus egyház Bethlen uralkodása alatt is háttérbe szorult. De, ellentétben például Angliával, üldözésnek egyik felekezet sem volt kitéve. Székelyföld megőrizhette katolikus jellegét.

A fejedelem nagy fontosságot tulajdonított az oktatásnak is. Tanárai elé példaként a kiváló jezsuiták iskoláit állította (magukat a jezsuita szerzeteseket azonban éppen sikereik miatt kitiltotta Erdélyből).

Bethlen 1629. november 15-én, halálos ágyán utolsó üzenettel fordult feleségéhez, Brandenburgi Katalinhoz, akit utódjának szánt. „Ha Isten velünk, kicsoda ellenünk? Senki sincsen, bizonyára nincsen” — írta a beszédre már képtelen uralkodó.

Halála után az általa kinevezett főurak úgy döntöttek, hogy Bethlen özvegye nem örökölheti a trónt. Brandenburgi Katalin ugyan ragyogó szépségű volt, de tapasztalatlan asszony, akit a hadi dolgok közelébe nem akartak engedni. Rövid átmeneti idő után a fejedelmi trónra I. Rákóczi György (1630—1648) került.

A kiváló hadvezér folytatta Bethlen politikáját. Amikor a harmincéves háborúban a Habsburgoktól elpártolt a szerencse, alkalmasnak találta az időt a támadásra. Bölcsen nem teljes győzelemre, hanem csak Erdély függetlenségének megerősítésére törekedett. A linzi békében (1645) sikerült is megszereznie hét magyarországi vármegyét. A szerződés a protestánsok szabad vallásgyakorlatát is újra megerősítette.

Utóda, II. Rákóczi György (1648—1660) azonban már rosszul gazdálkodott az örökséggel. Túlbecsülve erejét, háborút indított Lengyelország ellen. Ehhez ráadásul a szultán engedélyét sem kérte ki. A törökök elhatározták a fejedelem megbüntetését. Rákóczi Lengyelországból visszavonuló seregéből húszezer vitézt ejtettek foglyul és hurcoltak holtig tartó rabságba. A szultáni sereg is Erdélyre támadt. A megfogyatkozott magyar had hiába próbálta védeni az országot. Az ütközetben maga a fejedelem is elesett. Trónutódja, Kemény János (1661—1662) sem járt jobban, szintén a törökkel vívott csatában fejezte be életét. A következő uralkodónak, Apafi Mihálynak (1662—1690) sikerült békét kötnie a szultánnal, de nagy árat fizettek ezért. Erdély önállóságát és régi fényét, gazdagságát nem nyerte vissza soha többé.

Bethlen és a Rákócziak időszaka az erdélyi kultúra aranykora. I. Rákóczi Györgyöt „bibliás őrálló fejedelem”-ként tisztelték kortársai a hit oltalmazásáért. A fejedelmek igyekeztek a kor neves tanárait a két legfontosabb kollégiumba, a sárospatakiba és a debrecenibe meghívni. Közéjük tartozott a világhírű Comenius is (eredeti nevén Jan Amos Komensky), aki négy évig tanított Sárospatakon. Az iskolákban világi tudományokat is oktattak. Apáczai Csere János ekkoriban írta meg Magyar Encyclopaedia című művét, amelyben a legmodernebb természettudományi ismereteket foglalta össze magyarul.