A szabadságharc leverését véres megtorlás követte. Az ország teljhatalmú parancsnoka, Haynau végleg le akart számolni a szerinte javíthatatlan, rebellis magyarsággal. Dühe különösen a szabadságharc vezetői ellen fordult. 13 tábornokot, illetve tisztet Aradon hadbíróság elé állíttatott, és 1849. október 6-án kivégeztetett. Pesten Batthyány Lajost, a forradalom miniszterelnökét kivégzőosztag golyói ölték meg. A győztesek bosszúja azonban nemcsak őket sújtotta. Katonák ezreit sorozták be közlegényként, és vitték a Habsburg Birodalom messzi tájaira. Kossuth és sok politikustársa a határon túlra menekült, így elkerülték a kivégzést.

A külföldi kormányok a fegyverletételig közömbösen nézték a nemzet harcát a szabadságért. Népeik azonban rokonszenvvel tekintettek a magyarságra. Kossuthot és a többi menekültet Itáliában, Angliában, Amerikában mindenütt ünneplő tömeg fogadta. Haynau rémuralma szerte a világban felháborodást keltett. Az uralkodó végül meneszteni kényszerült helytartóját.

1850-től 1859-ig Magyarországot Ferenc József belügyminisztere, Alexander Bach irányította. (Ezt az időszakot Bach-korszaknak nevezik.) Bécs célja az egységes birodalom megteremtése volt. Ennek érdekében minden nemzeti törekvést elnyomtak. A szerbek, horvátok, románok és szlovákok is, akik a szabadságharc idején a császár mellé álltak, keserűen tapasztalhatták a Habsburgok hálátlanságát.

A belügyminiszter első intézkedései közé tartozott a vármegyék megszüntetése. Helyükbe (Erdély leválasztása után) öt kerületet szerveztek. A kormány csak neki engedelmeskedő német, cseh és morva hivatalnokokat nevezett ki. Bécs úgy gondolta, hogy az ország könnyebben fogadja el az új rendet, ha a hivatalos személyek magyaros öltözéket viselnek, ám a nép csak Bach-huszároknak gúnyolta őket.

Az 1850-es évek közepére a Bach-rendszer megerősítette hatalmát Magyarországon. Ám a nemzet szabadságvágya nem aludt ki. 1855 őszén a nagy költő, Vörösmarty Mihály temetése néma tüntetéssé vált, melyen több tízezren vettek részt. Az uralkodót s kormányát joggal nyugtalaníthatta a külföldre menekült honvédek tevékenysége is. Itália Habsburg-ellenes szabadságharcában — Garibaldi oldalán — számos magyar vett részt, a Törökországban, Kütaya városában élő Kossuth pedig alkotmánytervezetet dolgozott ki. Széles körű jogokat ajánlott a nem magyar anyanyelvűeknek.

Alexander Bach azt próbálta elhitetni a hazai viszonyokat nem ismerőkkel, hogy a magyarság szabadon művelheti kultúráját, s az ország gazdasága jobban fejlődik, mint korábban bármikor. Bizonyos engedményeket csakugyan tettek is. A gazdaság terén szintén volt némi haladás. Megépült a Pestet Béccsel és Szegeddel összekötő vasút, mely az Alföld gabonáját juttatta el Ausztriába. Mindez elsősorban az elnyomók érdekét szolgálta.

A belügyminiszter hamis dicsekvését 1858-ban a Döblingben élő Széchenyi István leplezte le. Egy Bachot dicsőítő könyvre válaszul írta meg Blick (Pillantás) című művét német nyelven. Ferenc József (részben a könyv miatt) kénytelen volt meneszteni Bachot. A gróf számára azonban a Blick megjelenése végzetes volt. Az osztrák rendőrség gyorsan a nyomára jutott, hogy ő a szerző. Széchenyi, elkerülendő a megalázó büntetést, 1860. április 8-án öngyilkos lett. A Széchenyi halálát követő országos gyász és az itáliai katonai vereségek rádöbbentették az udvart, hogy Bach módszereit nem lehet tovább követni. Ezért a magyarországi konzervatívokkal összefogva Bécs 1860-ban alkotmánytervet készített. Az októberi diplomának nevezett okmány szerint a Habsburgok birodalma egyetlen egységes államot alkot, élén Ferenc Józseffel. A magyar országgyűlés fölé rendelték a Birodalmi Tanácsost. Magyarország népe is küldhetett volna képviselőket a közös parlamentbe. Ez a magyarok számára elfogadhatatlan volt, hiszen így mindig kisebbségben maradtak volna a többi néppel szemben.

Ekkorra a magyar politika legnépszerűbb alakja Deák Ferenc lett. A higgadt, egy esetleges újabb háborút ellenző, de az 1848-as áprilisi törvényeket csorbíthatatlannak tartó Deák javaslatára az 1861-re összehívott országgyűlés visszautasította az uralkodói alkotmányjavaslatot. Ferenc József emiatt először pátenssel, rendelettel akarta bevezetni azt, majd pedig elrendelte az ország katonai megszállását. Ám a Birodalmi Tanácsba ennek ellenére is csak az erdélyi szászok és románok küldték el követeiket.

Az októberi diploma kidolgozója, Anton Schmerling a magyar képviselők távolmaradását látva gyakorta hangoztatta: „Mi tudunk várni!” Ám kiderült, hogy Ferenc József számára a magyarsággal való megegyezés elkerülhetetlen. Az Észak-Itáliáért vívott háború terhei kimerítették a kincstárt. Ráadásul Ausztria újabb fronton is harcolni kényszerült. Poroszország saját vezetése alatt akarta egyesíteni a kisebb német államokat. Erre azonban Bécs is igényt tartott. A poroszokkal vívott harc nem tartott sokáig. A Habsburgok hadserege megalázó vereséget szenvedett.

Ferenc József a háború kedvezőtlen befejeződése után nem utasíthatta el a magyarokkal való tárgyalásokat. Ezeket Deák Ferenc mellett gróf Andrássy Gyula vezette. A kiegyezésnek elnevezett megállapodás hosszas alkudozás után, 1867 tavaszára készült el. Ezek során mindkét fél engedett. Bécs hozzájárult, hogy Magyarország újra egyesüljön Erdéllyel, s hogy Pesten önálló magyar országgyűlés létesüljön. Az uralkodó Andrássy Gyula vezetésével magyar kormányt nevezett ki, amelynek miniszterei az országgyűlésnek tartoztak beszámolni. Honvédség néven magyar hadsereg is létesült. Ennek vezényleti nyelve a magyar volt, főparancsnoka pedig a közös uralkodó lett. Mindezért cserébe Deákék elfogadták: fennmarad a közös hadsereg (ami sokkal nagyobb volt, mint a Honvédség), és a külügyeket is Béccsel közösen kell intézni. A katonaság és a diplomácia fenntartására szolgáló pénzügyek is közösek maradtak. A közös ügyeket a két ország országgyűlése által kiküldött bizottságok tárgyalták meg. A megállapodást Ferenc József 1867. június 8-i megkoronázása szentesítette.

A száműzetésben, Torinóban élő Kossuth a kiegyezésben a szabadságharc elárulását látta. Ám az országgyűlésben Deák hívei többségben voltak. Kossuth érvei azonban nem maradtak hatás nélkül. Az Osztrák—Magyar Monarchia felbomlásáig sokan gondolták úgy, hogy Magyarországnak független államnak kellene lennie.