Késmárkon született 1657. szeptember 25-én. Nyolc éves korában Apafi Mihály kinevezte Máramaros vármegye főispánjává, nevében az adminisztrátorságot Teleki Mihály vitte. Apja – Thököly István – tíz éves korában az 1667-ben megnyílt eperjesi lutheránus kollégiumba küldte, innen a zavaros hadi viszonyok miatt csakhamar hazahozatta.

1670. novemberben az ostrom alá fogott Árva várából a liptóvármegyei Likava várába, onnan atyja halála után (december 4.) Erdélybe menekült Apafi fejedelem védelme alá.

Felvidéki birtokait lefoglalta a bécsi kamara, de anyai nagybátyjától, Rhédei Ferenctől máramarosi uradalmait örökölve, nagy vagyonhoz jutott.

1672-ben magyarországról menekültek száma már 15000-re növekedett.

A felkelők a Felvidékre törtek, de Kopp tábornok legyőzte seregüket. I. Lipót 1673. február 27-én felfüggesztette az alkotmányt és Ampringen János Gáspárt teljhatalmú kormányzóvá nevezte ki.

A felkelők, támaszkodva XIV. Lajos francia király biztatására, megkezdték a harcot, mire Lipót tanácskozást hívott össze Pozsonyba a béke helyreállítása végett; de az ügyetlen és gőgös Hocher megsemmisítette a reményeket.

A harc újra megindult s a népszerűtlen Teleki helyébe az akkor 21 éves Thökölyt választották vezérül, aki már előbb is részt vett a fölkelők harcában. Ekkor kezdődik fontos szerepe hazánk történelmében.

A protestánsok csakhamar mind csatlakoztak hozzá. Rövid idő alatt Felső-Magyarországot a bányavárosokkal együtt elfoglalta. A bányavárosokban nagy mennyiségű aranyra és ezüstre tett szert, melyekből a maga nevére pénzt veretett.

1680 nyarán elfoglalta Késmárkot és Lőcsét. 1681. áprilisban I. Lipót Sopronba országgyűlést hívott össze, ez azonban eredménytelen volt. Még be sem fejezték, Thököly ismét megkezdte a háborút. Apafi tízezer és a nagyváradi pasa hétezer emberrel segítette.

Elfoglalta Nagykállót, Böszörményt. Ezután fegyverszünetet kötött. 1682. június 15-én megesküdött Zrínyi Ilonával, I. Rákóczi Ferenc özvegyével.

Miután a soproni országgyűlés az 1681-es alkotmányt nagyjából visszaállította, sokan visszatértek Lipóthoz. Ilyen körülmények közt

Thököly ismét a szultánhoz fordult, szerződést kötött vele, melyben a, szultán őt elismeri Felső-Magyarország fejedelmének, megígéri, hogy minden erejével segíteni fogja, viszont Thököly és utódai évi 40000 arany adót tartoznak fizetni a szultánnak.

Thököly a francia királytól is újabb segélyt nyert és 1682. júliusban a háborút megkezdte. Elfoglalta Kassát, Eperjest, majd egész Felső-Magyarországot a bányavárosokkal, ismét pénzt veret. Hatalmát egész a Vágig kiterjeszti. A szultán királynak kiáltatja ki, de ezt nem fogadta el, csak Magyarország fejedelme és kormányzója lett.

1683-ban országgyűlést hívott össze Kassára, ott azonban a rendek egy része bizalmatlan volt iránta. Mindenekelőtt azt kívánták tudni, nem áldozta-e fel a török pártfogásért az ország függetlenségét? Thököly megtagadta a választ, a rendek nem szavazták meg sem a személyes felkelést, sem a kívánt adót. Thökölynek önkényesen kellett az adót kivetnie és csak erőszakkal hajthatta be.

Időközben a török ismét készülődött Magyarország ellen. 1683 tavaszán a nagyvezír, Kara Musztafa akadálytalanul haladt előre Bécsig, melyet hét hétig sikertelenül ostromolt. Sobieski János és Lotharingiai Károly egyesült hadserege azonban teljesen szétverte az óriási török sereget, a hadjáratban részvevő Thökölyt pedig Pozsonynál győzték le.

A nagyvezír serege romjaival Győrig futott, ahonnan a szultánt értesítette vereségéről, melynek okául Ibrahim budai pasát pasát és Thökölyt tüntette fel. Thököly, hogy tisztázza magát a vád alól, Drinápolyba sietett a szultánhoz.

Thököly Sobieski János útján lépéseket tett I. Lipótnál a kiegyezésre; megígérte, hogy leteszi a fegyvert, ha Lipót a vallásszabadságot biztosítja és hercegi címet ad neki a 13 északkeleti vármegyével együtt. Lipót azonban feltétlen megadást kívánt.

Thököly ezután tovább folytatta a harcot. 1685 tavaszán Ungvár alól visszaverte Schultz tábornokot, de ezután többször megverték, s Eperjesnél majdnem elfogták. Segítséget nem kapott a törököktől, sőt, mikor Thököly Váradra ment, elfogták és vasra verve küldték Belgrádba. Az elfogatás oka az, hogy a török neszét vette Thökölynek a császárral való alkudozásáról.