Gombafajok azonosítása DNS segítségével
Az ELTE TTK Biológiai Intézet Növényszervezettani
Tanszékéről Kovács M. Gábor és Knapp G. Dániel csatlakozott a
nemzetközi „Fungal Barcoding Consortium”-hoz.
Fotó: Benjamin Stielow (Fungal Barcoding Consortium)
Kutatásuk során azt vizsgálták, melyik DNS szakasz használható a
legjobban a gombák fajszintű azonosítására. A konzorcium munkájában,
Magyaroszágról a Szegedi Tudományegyetem Mikrobiológiai Tanszékének
kutatói is részt vettek.
Az Amerikai Tudományos Akadémia folyóirata, a Proceedings of National
Academy of Sciences 2012. április 17-i kiadásának már címlapfotója is a
gombák DNS univerzális „vonalkódját” bemutató közleményre hívja fel a
figyelmet, melynek szerzői között van az ELTE két kutatója is.
A valódi gombákat szinte teljesen lefedő vizsgálatnál elengedhetetlen
volt, hogy az adatok pontosan meghatározott, jól azonosított fajokból
származzanak, méghozzá úgy, hogy egy-egy nemzetséget több jól
elkülöníthető faj, és egy fajt több példány reprezentáljon. A
vizsgálatban több lókusz (génhely) összevetése történt meg. A
szekvenciák fajazonosítási potenciálján túl technikai szempontokat is
vizsgáltak, például hogy mennyire általánosan és könnyen szaporítható az
adott szakasz, ami egy hivatalos, általános DNS „vonalkódnál” fontos
elvárás. Az eredmények alapján a sejtmagi riboszómális RNS génkomplex
(nrDNS) ITS szakaszát jelölték ki mint a gombák univerzális DNS
vonalkódját.
A tanszék kutatási profiljába szervesen illeszkedő MEN(S)AA
(Mycorrhizal and ENdophytic fungi of (Semi)Arid Areas) csoport Kovács M.
Gábor irányításával (fél)száraz területek nem-patogén gyökérkolonizáló
gombáinak diverzitási-specificitási viszonyait kutatja, több forrás
mellett elsősorban az OTKA támogatásával. A munkák részét képezi egyes
sivatagi szarvasgomba csoportok vizsgálata is, ezek során számos új
nemzetséget és fajt rendszereztek. A „vonalkód” kutatásokhoz a
mediterrán régióban és a Közel-Keleten gyakori, Terfezia nemzetségbe
tartozó sivatagi szarvasgombákon folytatott vizsgálat kapcsolódott. Ez a
nemzetség azért is érdekes, mert egyes leszármazási vonalaiban az nrDNS
ITS régiója nagyfokú egyeden belüli variabilitást mutat – ezt korábban
szintén a MEN(S)AA csoportban igazolták –, így példaként szolgál az ITS
vonalkód használatának egyes problémáira is.
Forrás: ELTE
Kommentáld!