A szombathelyi székesegyház Magyarország harmadik legnagyobb temploma, tornyai már messziről jól láthatóan magasodnak a város fölé. Még inkább így volt ez abban az időben, amikor még nem voltak meg a modern lakótelepek több emeletes épületei.

A székesegyházba belépve azonnal feltűnnek a hatalmas méretek. Amíg a templombelső restaurálása nem kezdődött el, a csupaszon vakolt falak ezt még jobban kihangsúlyozták. A legtöbb látogató azt mondta – túl egyszerű. Igen, de ez a templom 1945 előtt nem így nézett ki. A belső rész megújítása legnagyobb részben Konkoly István püspök nevéhez fűződik, aki hivatalba lépése után nagy lendülettel látott hozzá a munkához. Ennek köszönhetően ma már a székesegyház belseje – a mennyezetfreskók kivételével – újra régi fényében ragyog.

A főhajó két oldalán 3-3 félkörös záródású oldalkápolna nyílik, az oltárok felett negyed köríves ablakokkal. Az oltárokat magas talapzaton álló korintoszi oszlopok fogják közre, melyek díszes koszorúpárkényt tartanak.A koporsó alakú oltárok felett szürkés márványkerettel övezett, az egész falmezőt kitöltő oltárképek.

Az északi oldalon az első kápolna oltárképe eredetileg Nepomuki Szent Jánost ábrázolta, Spreng festette 1808-ban. A kép a háborúban elpusztult. Alatta üvegkoporsóban Szent Placidus vértanú ereklyéi. A szent teteme korábban a római Pontianus-katakombában feküdt, 1793-ban Herzan bíboros tulajdona lett, aki püspöksége idején a székesegyháznak ajándékozta. Az északi második kápolnában eredetileg Szent István király oltárképe állt, Dorfmeister festette 1792-ben. A bal oldali falon gróf Mikes János püspök édesanyjának síremléke látható, maga a püspök is a kápolna alatti sírboltban nyugszik. A harmadik kápolna oltárképe Szent János megkereszteli Jézust Dorfmeister festménye. A déli első kápolna oltárképe Spreng festménye Szent Sebestyén vértanúságát ábrázolja. A második kápolna, Jézus átadja a mennyország kulcsait Szent Péternek, Maulbertsch festménye szintén megsemmisült. A harmadik kápolna oltárképe a Szent családot ábrázolta, a háború áldozata lett. A kápolnák oldalfalain egykor az oltárképekhez illő bibliai ábrázolások voltak láthatók, ezek sincsenek már meg. A hajóban egykor tölgyfából készített padok sorakoztak, melyek elpusztultak, ma párnázott székek helyettesítik őket.

A kereszthajók oltárképei Sabaria két nagy szentjét Szent Mártont és Szent Quirinust ábrázolják. A déli oldalon Maulbertsch 1792-ben festett Szent Quirinus sabariai vértanúságát ábrázoló oltárképe. Az ókorban az ő tiszteletére volt szentelve a város bazilikája, ahol a szent teste is nyugodott. Mellette balra a keresztkút és az egyik eredeti állapotban megmaradt díszes gyóntatószék Spreng Bűnbánó Magdolnát ábrázoló festményével. A sekrestye felett Prokop reliefje Szily János püspököt ábrázolja. A gazdagon díszített márvány szószéket Hefele tervei alapján Rupelmayer készítette 1807-ben, a tetején a hitet jelképező nőalak Prokop munkája.