Kőszeg várának első említése 802-ből származik: Einhard krónikája említi castellum Guntionis néven.

A tatárok elvonulása után kezdődött meg az Alsóvár kiépítése a völgybeli település mellett, ami a középkorban átvette a nehezen megközelíthető Felsővár földesúri birtokközpontjának szerepét.

A 13. század végén birtokosa a Héder nemzetség volt.
1289-ben Albert herceg elfoglalta a várat.
1291-ben III. András a hainburgi béke feltételeinek megfeleően az Óvárat leromboltatta. 1327-ben Károly Róbert több háborúskodás után elfoglalta a Kőszegi családtól a várat, majd győzelme után 1336-ban jelentős privilégiumokkal segítette a város lakosait a fejlődésben.

Az osztrák betörések megelőzése érdekében fokozatosan kiépítették a városfalakat, melyeket erős tornyok védelmeztek. A falakat övező árkokba pedig, a közeli Gyöngyös patak vizét vezették be. 1392-ben a vár a Garai családé, 1445-ben a Habsburgoké volt, tőlük Hunyadi Mátyás 1482-ben visszavette, de 1492-ben a Habsburgok ismét elfoglalták.

Legismertebb ostromát az 1532-ben Bécs városa felé vonuló Szulejmán török szultán óriási seregétől szenvedte el, aki ellen Jurisics Miklós várkapitány mintegy ezerfőnyi, kisebb részben katonáiból, de inkább a bemenekült környékbeli jobbágyokból szervezett védősereget. A huszonöt napos viadal során az Oszmán Birodalom hadai minden lehetséges eszközt bevetettek. Végül közös megegyezéssel nyolc toronyra nyolc török zászlót engedtek kitűzni a magyarok, így a szultán számára látszólagos győzelmet jelenthetett neki Ibrahim török nagyvezér, így elvonulhattak Kőszeg falai alól déli irányba.

A szultán a Király-völgy, és a Kálvária-hegy közötti dombról követte az eseményeket. Ez a hely azóta a Szultán-domb elnevezést viseli.

Mivel Bécs városát jelentős osztrák seregek biztosították. Habsburg Ferdinánd a hősies vitézségéért Jurisich Miklóst bárói rangra emelte és neki adományozta Kőszeg városát.

Jurisich azonban fiú utód hátrahagyása nélkül halt meg, így visszakerült a királyi kamara kezelésébe. 1695-ban a vár és az uradalom Esterházy Pál (nádor) birtokába került, majd a család egészen 1931-ig birtokolta a kőszegi várat. Ezt követően eladták és honvédségi tulajdonba került 1955-ig.

Az előző évszázadokban még sokszor ostromolták a kereskedővárost az erdélyi, császári és kuruc csapatok, mert gazdag polgárházaival vonzó zsákmányt jelentett. 1777-ben a várat tűzvész pusztította, ekkor bontották le védőműveinek nagyobb részét. A műemlék helyreállítására 1955 és 1963 között került sor, a helyreállított várban kulturális intézmények kaptak helyet.